Eram índios Abatirás - que Aires do Casal supunha constituírem ramo dos Aimorés - os primitivos habitantes do território correspondente ao atual Município de Santo Amaro. Localizados ao longo da costa, e nas margens dos principais rios, os indígenas ocupavam a Patatiba, área de cerca de dez léguas quadradas onde se encontram ótimos solos de massapê, com aguadas e pastagens magníficas. É tradição corrente terem os Abatirás vivido em contínuas lutas com os Tupinambás da barra do Paraguaçu, que incursionavam em busca de pescados e mariscos. Os primeiros civilizados que penetraram a região, por volta de 1557, travaram renhidas lutas com os selvagens, estabelecendo-se, de início, na margem direita do Traripe, no local denominado Pilar e nas proximidades do mar, de onde retiravam meios de subsistência. Entre os aquinhoados, com doações de sesmarias, figuram o Major João Ferreira de Araújo e membros da família Dias Adorno, incluindo-se no seu domínio as terras em que mais tarde veio a localizar-se a Cidade de Santo Amaro. Admite-se como provável, que antes desse estabelecimento já se tivesse iniciado a catequese pelos jesuítas do Colégio de Santo Antão de Lisboa, fixados na margem do mesmo Traripe, um pouco abaixo das terras dos Adornos. Ali fundaram uma capela, sob a invocação de Nossa Senhora do Rosário. Em redor do modesto templo, morro abaixo, alastrou-se o casario. Todavia, por dissenções peculiares àquela época, foi um jesuíta assassinado na capela quando celebrava missa. Em conseqüência, o templo foi interditado, verificando-se o deslocamento dos colonos para outro local, na confluência dos rios Serjimirim e Subaé, em terras do Conde de Linhares, onde se construiu nova capela.
Como o referido sítio não fosse conveniente fundou-se, meia légua acima, uma igreja no lugar denominado Santo Amaro, por existir nele uma capela consagrada ao Santo desse nome, além de pequeno núcleo de colonos vizinhos, origem da atual Cidade. Com a posterior criação da freguesia, passou a localidade a denominar-se, não oficialmente, Santo Amaro da Purificação. No século XVII, intensificou-se a colonização, mediante a concessão de numerosas sesmarias. Mais tarde, divididas as terras para o desenvolvimento da colonização, tornou-se proprietário de parte delas o citado Major João Ferreira de Araújo, bisavô do eminente estadista e administrador da Bahia e Sergipe, João Ferreira de Araújo Pinho. Essas terras, como já se viu, constituíam parte daquelas em que atualmente está edificada a Cidade, sendo a residência do seu antigo proprietário considerada, em 1927, monumento nacional.
Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora da Purificação e Santo Amaro, anteriormente a 1608. Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora da Purificação e Santo Amaro, em 05-01-1727. Sede na antiga povoação de Nossa Senhora da Purificação e Santo Amaro. Instalada pelo mesmo dia, mês e ano. Elevado à condição de cidade com a denominação de Santo Amaro, pela lei provincial n.° 43, de 13-03-1837.